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为什么要把特许经营协议放到行政诉讼中来，首先确实是行政协议，非要按照民事协议来处理，是不对的。按照相关规定许可经营协议纠纷应当走行政诉讼的流程。
其次，如果说行政协议非要按照民事协议在民事诉讼里来处理，对行政相对人也就是对企业相对人等是不公平的，为什么?因为民事诉讼法处理的是平等主体之间的纠纷，给予双方的权利是相等的，那么企业和行政部门基于相同的权利，地位是平等的吗?一个是管理者，一个是被管理者，其实是不平等的，所以，放在行政诉讼可以完全解决这个问题。
那么，最高院的司法解释怎么规定的呢?在法院审理这类的行政协议案件当中，应当对被告订立、履行、变更、解除行政协议是否有法定职权，是否滥用职权，法律是否正确，是否遵循法律程序，是否明显不当，是否履行相应相对法定职责进行合法性审查?
在行政协议案件的审理过程当中，法院不仅要审理双方各自的主张，各自提供的证据，各自提出的主张，更重要的是审查行政部门是不是有法定履行的职权，能不能订立相关协议，比如说有的管委会制定了垃圾处理的特许经营协议，后来就发现该管委会并没有相关的职权。
根据地方的一些规章和法规的规定，只有县级以上行政主体才能订立协议，所以要看该部门有没有订立该协议的法定职权，有没有履行法定职权，有没有变更法定职权。比如说我们曾经办理过的案件，某企业和相关部门签订的特许经营协议，相关的管委会给企业发出通知，说要变更原来签订的协议，那么管委会能变更吗?有变更的职权吗?显然是没有的。
但是，在民事诉讼案件审理中要考虑这些问题吗?不考虑。有没有解除的法律职责，适用法律是否证据，是否明显不当，要进行一个全面的合法审查，要把它定性准确，然后放在行政诉讼当中解决。
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本文法律知识并不代表其法律建议，如遇同类问题应当具体分析。
