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首先未登记面积不等于违建面积，登记是物权确权行为，而不是判断建筑物是否合法的唯一标准，因此对未登记面积一律不予补偿是错误的。
其次，对于在拆迁过程中发现的未登记面积该如何处理法律有明确规定，那就是应该由有权部门进行调查确认处理，如果房屋在建设时不违反国家法律，仅仅是由于各种原因未登记确权，那就应该作为被拆迁人的合法建筑依法补偿，如果征收方未经调查就做出行政确认，显然没有事实依据，程序也违法。
根据法律规定，行政确认行为做出后，被拆迁人要是不及时复议或者诉讼要求撤销，那么这个确认就是有效的，到时被拆迁人再认为补偿太低不签定补偿协议，征收方就可以依据这个认定做出补偿决定，到时再在补偿面积上提出疑问已为时已晚。
